「行方不明の娘を探してください。お願いします……！」　

ここは日本のどこか。現代なのか過去なのかも分からない不思議な世界で稀代の盗人・怪人二十面相とそれを追う名探偵・明智小五郎の攻防戦が繰り広げられていた。そんな世界にひっそりと門を構える「明智探偵事務所」。主人である明智は二十面相の始末に追われ長らく不在。留守を預かるのは、助手の小林芳雄と彼を慕う井上一郎、そして何故かいつも事務所にたむろしている花咲マユミ。そんな折、行方不明の娘の捜索を依頼しに、一人の母親がやってきた。明智の留守を理由に断ろうとするも、彼女の哀願に心を打たれた小林は明智の代わりに依頼を引き受けることに……。